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本片發生的主要時間是「第四次忍界大戰」兩年後的故事，講述鳴人和雛田的愛情發生經過。另外，第五代火影千手綱手已卸任，由旗木卡卡西繼任第六代火影。 故事初期雛田偷偷織了一條圍巾，打算織給鳴人，可是一直沒有一個合適的機會送給鳴人。就在此時，來自月球之祖·大筒木羽村的後裔大筒木舍人突然出現在雛田眼前，並留下一句話。在舍人留下那句說話後，隕石就伴隨著強烈的光芒貫穿了夜空，一眾五影也發現月球異常接近地球，於是五影會談緊急召開，討論如何制止月球的行動。不久，第六代火影旗木卡卡西向由鳴人、小櫻、鹿丸、雛田和祭...

為了追蹤叛忍百足，五代目火影網手（勝生真沙子配音）命令大和（小山力也配音）率領小櫻（中村千絵配音）、漩渦鳴人（竹內順子配音）、佐井（日野聰配音）等人前往樓蘭。樓蘭某處地下藏有蘊含巨大能量的龍脈查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目標則是解開封印，釋放恐怖的力量。經過千鈞一髮的搏鬥，鳴人變成孤身一人，他意外來到一座繁華的失落城市，在此遭到了傀儡部隊的襲擊，並得到神秘木葉忍者的救助。之後鳴人邂逅樓蘭女王薩拉，而圍繞這個美麗的女子，邪惡的陰謀正悄悄展開。時空錯亂，舊日的影像浮現……本片根據漫畫家...

神秘的忍者軍團襲擊木葉忍者村！原來他們是「空之國」忍者—空忍，從前被木葉消滅的國家。他們用上現代化兵器展開排山倒海的攻勢，令到木葉瀕臨滅國危機。醫術高明的神農及其徙弟亞丸到達木葉，希望木葉首領—綱手派出忍者小隊，前往亞丸的故鄉拯救鄉民。原來空忍亦襲擊亞丸的故鄉，尋找空忍的舊時總部遺址。 木葉首領—綱手於是命令奈良鹿丸和旗木卡卡西等人反擊空忍，而漩渦鳴人和春野櫻和日向雛田則跟隨神農回到亞丸的故鄉，發現了空忍的總部遺址，可是神農卻被空忍殺死了。另一方面，背叛了木葉的宇智波佐助受命於大蛇丸帶回曾賜予...

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邪惡的電腦生命體－星雲灰(Nebula Gray)在「電腦世界」中開端行動。世界各地發作許多非物質化現象，「理想世界」因而不時消滅。當星雲灰(Nebula Gray)進化成完整體時，「理想世界」和「電腦世界」將會逆轉。地球將會被消滅而轉變為宏大的電腦空間。 守護世界戰爭的網路救世主(Net Savior)－光熱斗，與他的夥伴網路領航員－洛克人一同前往毁壞星雲灰(Nebula Gray)。但是最強的網路領航員佛魯迪……卻擋住他們的去路。此外，敵我不明的神秘網路領航員卡尼爾也呈現。 為了阻止世界的消...